Jugandose la supervivencia de la Humanidad Nagate Tanikaze pilota su armadura plateada el Tsugumori Hace mil anos los Gauna destruyeron el Sistema Solar El Sidonia una gigantesca nave de transporte de semillas viaja por el espacio manteniendo la propagacion y reproduccion del ser humano Nagate Tanikaze un chico que se crio en los niveles mas bajos de la nave se convierte en cadete de piloto de Guardian y recibe el permiso para pilotar el Tsugumori una maquina que a pesar de ser de anterior generacion goza de fama historica Se abre el telon de una lucha en la que Nagate se juega la vida